La secuenciación de nueva generación (NGS) en la salud animal

En los últimos años, los avances en biología molecular y genética han transformado profundamente muchos campos, incluida la salud animal. Herramientas como la PCR, la PCR en tiempo real y, más recientemente, la secuenciación genética, ha abierto nuevas posibilidades para el diagnóstico y control de enfermedades.

Gracias a la caracterización genética de patógenos, hoy es posible estudiar a fondo su composición genética, identificarlos con mayor precisión y entender mejor cómo interactúan con los animales que infectan. Esto ha tenido un impacto directo en la detección temprana y el manejo de enfermedades relevantes para la industria veterinaria.

Aunque la tecnología de secuenciación desarrollada por Frederick Sanger en los años 70 fue durante décadas el estándar, sus limitaciones se han vuelto evidentes frente a las necesidades actuales. Esta técnica permite analizar fragmentos pequeños y específicos de ADN, lo que la hace poca práctica para estudios a gran escala.

Aquí es donde entra la Secuenciación de Nueva Generación (NGS, por sus siglas en inglés). Esta tecnología permite secuenciar millones de fragmentos de ADN de manera simultánea, generando grandes volúmenes de información en poco tiempo y a un costo mucho menor por base. Esto ha revolucionado el estudio de procesos biológicos complejos, incluyendo el diagnóstico de enfermedades infecciosas y la comprensión de la relación entre patógenos y sus hospederos.

Aunque inicialmente estos avances se aplicaron en la medicina humana, su uso en medicina veterinaria ha ido en aumento, gracias a su versatilidad y amplio rango de aplicaciones.

Una de las plataformas más utilizadas es MiSeq, de la empresa Illumina, líder en tecnologías de secuenciación. Este equipo de sobremesa es ideal para proyectos de escala media, como la secuenciación de genomas virales o bacterianos, estudios metagenómicos (como el análisis de microbiomas) y secuenciaciones dirigidas.

Entre las principales aplicaciones de la NGS en salud animal destacan:

Diagnóstico de infecciones mixtas: permite identificar todos los patógenos presentes en una muestra, incluso aquellos que no han sido previamente caracterizados.

Estudios epidemiológicos: al secuenciar genomas completos, se puede rastrear la evolución de un brote, entender cómo se propaga una enfermedad y tomar decisiones más informadas para su control.

Análisis de comunidades microbianas: es posible estudiar la composición de bacterias y hongos en ambientes como el agua, el suelo o el tracto digestivo de animales de producción.

Tipificación molecular de bacterias: muchas bacterias relevantes para la salud animal son difíciles de identificar con métodos tradicionales. La NGS permite no solo identificarlas, sino también predecir la presencia de genes de resistencia a antibióticos y factores de virulencia, información clave para un tratamiento efectivo.

Para puntualizar, la NGS está marcando un parteaguas en el diagnóstico y medicina veterinaria. Su capacidad para generar información detallada y útil en un corto tiempo de respuesta, la convierte en una herramienta poderosa para enfrentar los desafíos actuales en salud animal.

En el laboratorio de Biología y Calidad Biológica de Sanfer contamos con el equipo MiSeq para realizar secuenciaciones de genoma completo (WGS), genotipificación de patógenos de interés o análisis metagenómicos 16s/ITS para un continuo monitoreo epidemiológico de granjas/hatos.